Thierry Magnier a commencé par être enseignant en lycée professionnel avant de devenir libraire, et de se tourner ensuite vers le journalisme littéraire, au sein de la rédaction du journal Page. Il lance alors le Petit Page, l'équivalent de ce journal pour la littérature de jeunesse.
Il travaille ensuite pour les éditions Gallimard, comme rédacteur en chef de la revue Lire et Savoir, puis pour assurer la promotion des livres de jeunesse publiés chez Gallimard auprès des écoles.